專項資金的使用和管理由市經貿委和市財政局共同負責。市經貿委相關負責人介紹說，專項資金主要用于支持：市級重點節能、發展循環經濟項目的補助，清潔生產審核驗收合格企業的補助，蘇州市級（含蘇州市級）以上發展循環經濟試點企業的補助，重點節能產品的研發、推廣應用的補助，節能宣傳、教育與培訓經費的開支，市級節能及發展循環經濟先進的獎勵，節能執法、監測經費的開支。
其中，市級重點節能、發展循環經濟項目，按項目節能量及投資額大小進行綜合考核評分，給予20～100萬元的補助；清潔生產審核驗收合格企業，給予每家3萬元的補助；蘇州市級（含蘇州市級）以上發展循環經濟試點企業，按取得的實際成效，擇優給予10～30萬元的補助。重點節能產品的研發、推廣應用，根據研發投入、產品的科技含量及推廣的成效，給予5～25萬元的補助。專項資金優先支持列入國家、省和蘇州市節能行動的重點企業，優先支持國家、省和蘇州市發展循環經濟的試點單位。據了解，對同一項目，當年不重復給予不同專項資金補助，對同一企業，當年不重復給予同一專項資金補助。申請專項資金支持的，應當按有關要求向市經貿委和市財政局同時遞交“張家港市節能及發展循環經濟專項資金申請”，并附企業營業執照復印件、企業上一年度審計報告及需支持項目的相關憑證。市經貿委和市財政局組織專家對申請支持的項目進行評審，必要時進行實地核查。依據專家評審意見和實地核查情況，聯合下達使用資金計劃。獲得專項資金支持項目的單位，要在每年年底前向市經貿委和市財政局報告本單位專項資金使用及項目進展或運行情況，并于次年2月底前將實際使用情況匯總報備。
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