工業污染專業化治理雖存在諸多優勢，但是由于受傳統“誰污染，誰治理”模式的制約以及相關政策滯后等因素的影響，在我國還沒有大范圍推廣，尚未形成燎原之勢。目前，我國工業污染治理設施的社會化運營比例仍相對較低，只有5％左右，而城鎮污水處理設施的社會化運營比例已達到50％左右。
門前有雪并非只能自己掃
受專業技術所限和執法不嚴影響，許多排污企業難以做到達標排放，甚至能做到也因成本高昂而放棄
長期以來，我國推行的是“誰污染，誰治理”的治污政策，這是西方國家奉行的“污染者付費”政策的中國式表述。其政策內核有相近之處，如明確污染產生者是治污責任主體。但兩者之間也有明顯差異，前者強調的是誰產生污染，誰就有責任進行治理，也就是說“各人自掃門前雪”；而后者強調的是誰產生污染，誰就有責任支付治污費用。可以自行治理，也可以委托別人治理，門前的雪不見得非要自己去掃，也可以付費委托別人來掃。政策的歧義導致治污模式和效率的不同。
就我國而言，工業污染大部分因“誰污染，誰治理”政策的要求，都由排污企業自行治理，但其受專業技術所限和執法不嚴的外部環境影響，許多排污企業難以做到達標排放，甚至能做到也因成本高昂而放棄。其結果是，我國工業污染治理效率和水平偏低。相反，西方國家推行“污染者付費”政策，工業污染大多實行專業化治理，加之嚴格的執法制度，其治污效率明顯不同。因此，實施工業污染專業化治理，首先需要打破“誰污染，誰治理”的固有模式，推行“誰污染，誰付費”原則，使專業化的環保公司幫助排污者進行污染治理，代行治污之責。
主體轉移治污責任能否轉移？
實現治污責任的轉移是企業將治污設施交給專業化公司管理的原始動機，不解決責任轉移問題，其對專業化治理的積極性將大打折扣
由專業化環保公司代工業企業治污并做到達標排放，一般是由雙方簽訂服務合同來實現，這種模式可稱之為合同減排服務。但接下來的問題是簽訂減排服務合同，能否實現責任轉移。即通過合同，能否將排污企業的治污法律責任轉移至環保企業。這個問題在法
律上似乎未得到解決。
實踐中，排污與治污雙方，通過簽訂合同協議，相互約定在特定情形下，各方承擔相應責任。但如果發生違約糾紛，誰能作為第三方進行仲裁，厘清各方責任？作為環保執法部門，其執法的依據仍然是污染物“誰產生，誰負責”，而不會對合同履行情況進行仲裁，這也不是環保部門的權限。所以，一旦發生違法排污行為，環保部門只能對排污企業依法進行處罰，而不會對治污企業懲處，因其于法無據。
但從排污企業的立場來說，作為支付治污費用的一方，實現治污責任的轉移是其將治污設施交給專業化公司管理的原始動機，不解決責任轉移問題，其對專業化治理的積極性將大打折扣。倘若如此，排污企業就無動力實現專業化治理，因不管其是否已經嚴格履行合同，都承擔違法排污所涉的責任。
要解決這個問題，法律上可以從調整責任主體角度著手，由過去的“誰產生，誰負責”調整為“誰排放，誰負責”。即無論污染物由誰產生，最終由誰排放到外部環境中，就應由誰來承擔法律責任。至于排放為何不達標，是排污企業違約，還是環保公司違約，則由雙方依據合同解決。環保部門如果遇到違法排污行為，首先應追究污染排放者的法律責任，對排放者依法處罰。
專業運營商怎么融資？
工業項目能否將企業之間簽訂協議中的收費權作為質押品，尚不明確
專業化治理目前有兩種模式，一種是委托治理服務，另一種是托管運營服務。對后者來說，排污企業只是將治理設施委托環保企業運營，環保企業不需要投資建設，因而不牽涉貸款問題。但前者不同，環保企業要負責排污企業治理設施的投資建設，代其實行“三同時”制度，因而涉及到銀行貸款問題。這有點類似于城鎮污水垃圾項目的BOT模式，環保企業負責整個治理設施的投資、建設和運營。
對于市政項目，環保公司可低價購得市政項目所需土地，并將土地使用權作為銀行貸款的抵押品。但對于工業治污項目，由于治理設施附著于工業企業的主體設施之中，其所占土地的使用權也屬于工業企業，因而不能將土地作為抵押品進行貸款。與此同時，市政項目還可將與政府簽訂協議中的收費權作為質押，從銀行獲得貸款。而工業項目，能否將企業之間簽訂協議中的收費權作為質押品，尚不明確。因此，貸款難也是工業企業推行專業化治理模式的一大障礙。
稅負征收加大專業運營成本
脫硫項目實行特許經營后，還涉及到雙重征稅問題
工業企業如自行解決污染治理問題，則其治理設施建設運營費用可計入企業生產成本，不需要納稅。而一旦委托專業化的環保公司投資建設或運營管理，企業須向環保公司支付污染治理服務費用，環保公司則要繳納各項稅負，這無疑增加了治理成本。
特別是發電企業的脫硫項目，實行專業化治理(目前所謂的特許經營)后，還涉及雙重征稅問題，即電網企業將1.5分/度脫硫電價支付給電廠須納稅一次，電廠再將此電價支付給脫硫企業又須納稅一次。這樣雙重征稅無疑加大了脫硫成本，也不利于專業化治理的推行。
專業技術儲備還不足
特別是化工園區等特殊類型的廢水治理技術，國內環保公司掌握不多，優勢也不明顯
毋庸諱言，目前我國的環保企業研發力量薄弱、技術儲備不足，對于解決一些復雜的工業污染問題可能力不從心。實際工作中，也出現了這樣的事例，比如某市化工園區污水治理項目，原由國內一家環保公司獲得，后來因技術因素不得不退出，改由國外一家知名的水務公司接手。
目前來看，相較于市政污水項目所用的是常規治理技術，國內環保公司均能掌握，在市場競爭中常以低成本優勢勝出。但對于工業治理項目，特別是化工園區等特殊類型的廢污水治理技術，國內的環保公司掌握的不多，優勢也不明顯。因此，當務之急是加大環保科技投入，提高國內環保企業的研發水平，增強環保技術創新能力和集成能力，為工業污染專業化治理奠定基礎。
