2002年最后修訂的《中華人民共和國水法》第四十八條規定，“直接從江河、湖泊或者地下取用水資源的單位和個人，應當按照國家取水許可制度和水資源有償使用制度的規定，向水行政主管部門或者流域管理機構申請領取取水許可證，并繳納水資源費，取得取水權。”2006年4月起執行的國務院《取水許可和水資源費征收管理條例》第二十八條對水資源費管理也有相關的規定，“取水單位或者個人應當繳納水資源費。取水單位或者個人應當按照經批準的年度取水計劃取水。超計劃或者超定額取水的，對超計劃或者超定額部分累進收取水資源費。”

　　在以上兩部法規的基礎上，《水資源費征收使用管理辦法》對水資源費的征收、繳庫、使用管理、違規處理等方面都做出了具體規定，水利部副部長胡四一將辦法的主要內容總結為五個方面：

　　一是明確了水資源費征收主體和征收范圍。在征收主體方面，《辦法》明確流域管理機構審批取水的，由取水口所在地的省級水行政主管部門代為征收，并且不得實施委托。在征收范圍方面，《辦法》明確除《條例》第四條規定不需要申領取水許可證的情形外，都應按規定繳納水資源費，減少了取水單位和個人對法定免繳水資源費的誤解，有利于保證水資源費征收制度的全面正確實施。

　　二是規范了水資源費征收行為。《辦法》分別對水資源費征收時間、取水單位和個人的實際取水量(發電量)申報、征收機關的核定和繳費通知單的送達程序等都做出了具體明確的規定，促進了各級水行政主管部門依法行政，強化了水資源費征收工作監管。

　　三是明確了水資源費的使用范圍和程序，確保了專款專用。《辦法》規定，水資源費專項用于水資源的節約、保護和管理，具體包括調查評價、取水許可監督管理、水資源調度方案的實施等九大項工作。在使用程序上，明確由縣級以上水行政主管部門會同有關部門編制水資源費收支預算，并納入部門預算報同級財政部門審核，資金支付按照財政國庫管理制度規定執行。

　　四是明確了中央與地方水資源費的解繳比例。在充分考慮中央與地方、地方與地方之間在水資源管理、節約和保護事權劃分的基礎上，《辦法》明確規定中央與地方按照1：9進行水資源費解繳，即縣級以上地方人民政府水行政主管部門征收的水資源費首先解繳中央財政10%，剩余的90%再在地方各級財政之間進行分配。

　　五是加強了水資源費征收使用管理的監督。對此，《辦法》規定，水資源費的征收使用必須接受價格、財政、審計部門的檢查，各級水行政主管部門也必須加強對下級水行政主管部門監督檢查。

　　胡四一還指出，水資源是重要的基礎性自然資源和戰略性經濟資源，是生態與環境的重要控制性要素。水資源有償使用制度是1988年《水法》設立的一項促進水資源節約、保護和管理的重要制度，為促進水資源的可持續利用提供了有力保障。